La gouvernance de l’Institut d’archéologie méditerranéenne est assurée par plusieurs instances complémentaires qui veillent au suivi, à la mise en œuvre et à l’évaluation des missions et des activités de l’institut. La mise en œuvre et la coordination des activités et des missions de l'institut sont garanties par le Bureau de direction.
Le Conseil d'institut est composé du bureau de l'institut et des directions des écoles doctorales partenaires (voix consultatives), ainsi que des directions des composantes et des laboratoires partenaires (voix délibératives).
Il valide les grandes orientations stratégiques en termes de recherche, de formation et de partenariats. Il émet aussi un avis sur les budgets, les comptes rendus financiers et les rapports d'activité. Le cas échéant, il propose à la désignation le directeur de l'institut.
Le Comité des tutelles est composé des représentants des tutelles principales des laboratoires partenaires :
Il nomme le directeur de l'institut sur proposition du Conseil d'institut, valide la feuille de route et ses actualisations, émet un avis et des recommandations sur l'adéquation entre la feuille de route et le budget, et valide les investissements de l'année N+1.
Le Scientific and Training Advisory Board (STAB) est composé d’experts externes qui représentent les axes thématiques et stratégiques de l’institut. Il émet des recommandations sur la planification et la réalisation des missions de l'institut, et un avis sur les rapports d'activité de l'institut.